中心挂靠的主要研究机构有、“国土资源部退化及未利用土地整治工程重点实验室”、“首都山区新农村建设规划研究中心”、“中科院地理资源所土地利用规划研究中心”（土地利用规划甲级资质）；国际合作机构有“Sino-Swedish Center for Urban-Rural Transformation Development”、“China Center for European Research Council GLOBAL-RURAL Project”；

野外观测研究基地（台站）有“黄土高原治沟造地与土地持续利用观测研究站”（陕西延安）、十二五国家科技支撑计划项目“空心村综合整治关键技术研究与集成试验示范基地（站）”（山东禹城）、“中国科学院地理资源研究所现代农业双优工程试验站（陕西榆林）”、“中国精准扶贫与县域发展研究示范基地（河北阜平）”。